Maloplošné chránené územia
Pri maloplošných chránených územiach je zvýšená pozornosť venovaná vzácnym biotopom, ohrozeným spoločenstvám, resp. špecifickým lokalitám. Pre tieto platí najprísnejší režim ochrany. Sú to rozlohou menšie územia, ktoré sú z hľadiska ochrany prírody najcennejšie a sú dôležité z vedecko – výskumných dôvodov.
V územnej pôsobnosti Správy NP a BR Slovenský kras sa nachádza 7 Prírodných rezervácií (PR), 10 Národných prírodných rezervácií (NPR), 2 Prírodné pamiatky (PP), 17 Národných prírodných pamiatok (NPP), a 2 Chránené areály (CHA).
Prírodné rezervácie
Prírodná rezervácia je oblasť veľká do 1000 ha, ktorá predstavuje pôvodné alebo ľudskou činnosťou málo pozmenené biotopy európskeho významu alebo biotopy národného významu, alebo biotopy druhov európskeho významu, alebo biotopy druhov národného významu. Platí tu 4. alebo 5. stupeň ochrany.
- Gerlašské skaly
- Kráľova studňa
- Palanta
- Pod Fabiankou
- Sokolia skala
- Zemné hradisko
- Kloptaň (nachádza sa mimo NP ale v jej územnej pôsobnosti)
Národné prírodné rezervácie
Národná prírodná rezervácia je prírodná rezervácia predstavujúca nadregionálne biocentrum ako súčasť najvýznamnejšieho prírodného dedičstva štátu. Platí tu 4. alebo 5. stupeň ochrany.
- Brzotínske skaly
- Domické škrapy
- Drieňovec
- Havrania skala
- Hrušovská lesostep
- Jasovské dubiny
- Kečovské škrapy
- Pod strážnym hrebeňom
- Turniansky hradný vrch
- Zádielska tiesňava
Prírodné pamiatky
Prírodná pamiatka je bodový, líniový alebo iný maloplošný ekosystém, prípadne jeho zložka alebo prvok, spravidla s výmerou do 50 ha, ktorá má vedecký, kultúrny, ekologický, estetický alebo krajinotvorný význam. Platí v nej 4. alebo 5. stupeň ochrany.
- Meliatsky profil
- Prielom Muráňa
Národné prírodné pamiatky
Medzi národné prírodné pamiatky patria najvýznamnejšie jaskyne a priepasti nachádzajúce sa v územnej pôsobnosti Správy NP a BR Slovenský kras zapísané do Zoznamu svetového kultúrneho a prírodného dedičstva UNESCO. Platí v nich 4. alebo 5. stupeň ochrany.
- Ardovská jaskyňa
- Brázda
- Diviačia priepasť
- Domica
- Drienovská jaskyňa
- Gombasecká jaskyňa
- Hrušovská jaskyňa
- Jasovská jaskyňa
- Krásnohorská jaskyňa
- Kunia priepasť
- Milada
- Obrovská priepasť
- Silická ľadnica
- Skalistý potok
- Snežná diera
- Zvonivá jama
- Ochtinská aragonitová jaskyňa (nachádza sa mimo NP ale v jej územnej pôsobnosti)
Chránené areály
Chránený areál je oblasť s výmerou do 1000 ha, na ktorej sú biotopy európskeho významu alebo biotopy národného významu, alebo biotopy druhov európskeho významu, alebo biotopy druhov národného významu a kde priaznivý stav týchto biotopov záleží na obhospodarovaní človekom. Platí tu 2. – 5. stupeň ochrany.
- Slaná
- Perínske rybníky