Ochranu prírody a krajiny v oblasti lesného hospodárstva zabezpečuje Správa NP ako odborná organizácia prípravou stanovísk. Účastníkom schvaľovacieho konania pri tvorbe lesného hospodárskeho plánu je orgán štátnej správy ochrany prírody, ktorý vydáva vyjadrenie. Doterajšia reštitúcia lesných pozemkov mala na ochranu lesov negatívny vplyv, pretože sa prejavuje prednostné využívanie hospodárskej funkcie lesa na úkor ostatných funkcií, a tak pretrváva aj zalesňovanie nepôvodnými drevinami a používanie nevhodných spôsobov hospodárenia, pričom výchovné zásahy a hygiena porastov sú často na nežiadúcej úrovni.

Poľnohospodárstvo

Poľnohospodárska pôda na území národného parku v čase vyhlásenia národného parku v roku 2002 zaberala výmeru 5 690,55 ha (16,44 %) územia. Postatnú časť poľnohospodárskej pôdy tvorili trvalé trávne porasty o výmere 5 601,59 ha, t.j. (98,4 %) všetkej poľnohospodárskej pôdy. Orná pôda mala výmeru 76,03 ha, vinice 1, 24 ha, záhrady 2,58 ha a ovocné sady 9,11 ha, čo predstavovalo spolu len 1,6 % poľnohospodárskej pôdy národného parku. Poľnohospodárska pôda je sústredená prevažne do katastrálnych území obcí Silica a Plešivec. Jej väčšie plochy sú viazané najmä na plošiny Silickej a Plešivskej planiny. V štruktúre sú zastúpené výlučne trvalé trávne porasty, ktoré sa využívajú ako pasienky, menej ako jednokosné lúky a časť je v súčasnosti bez využitia. Z celkovej výmery poľnohospodárskej pôdy bolo vo vlastníctve štátu 113,07 ha (1,99 %), v súkromnom vlastníctve 60,09 ha (1,06 %), v cirkevnom vlastníctve 20,97 ha, čo je 0,37 % všetkej poľnohospodárskej pôdy v národnom parku. Poľnohospodárske organizácie, mestá a obce a iní vlastníci mali vlastnícky vzťah iba k zanebateľnej výmere poľnohospodárskej pôdy. Podstatná výmera poľnohospodárskej pôdy navrhovaného územia 5 493,58 ha, čo je 96,54 % mala neznámych vlastníkov.

Poľnohospodárstvo prechádza od konca 80-tych rokov minulého storočia obdobím kvalitatívnych zmien, čo sa negatívne odráža na vhodnom spôsobe využívania územia, najmä jeho odľahlejších trvalých trávnych porastov, ktoré ostávajú nevyužívané. Správa NP nemá vytvorené legislatívne ani materiálne podmienky pôsobenia v tomto smere.

Ťažba nerastných surovín a priemysel

Geologická stavba a horninové zloženie územia Slovenského krasu dávajú reálny predpoklad pre výskyt nerudných a čiastočne aj rudných surovín. Tieto suroviny boli ťažené a spracovávané v dávnych historických obdobiach, čoho dôkazom sú ešte aj dnes viditeľné zásahy v teréne. V súčasnosti pretrváva už len ťažba a spracovanie vápencov.

Na území Slovenského krasu sú v prevádzke lom Hosťovce, lom Včeláre, lom Drienovec, Lom Gombasek, Lom Silická Brezová.

Priemyselná výroba v území, i keď je pomerne málo rozvinutá a prevádzky sú mimo národného parku, predsa vplýva na kvalitu jej prírodných zložiek, predovšetkým ovzdušia. Rozvody energie, najmä ropy a zemného plynu, sú príčinou doterajších zásahov najmä v južnej časti územia.

Vodné hospodárstvo

Vodné hospodárstvo má v území veľký význam, pretože Slovenský kras je bohatý na výskyt podzemných vôd. Ich doterajšie využívanie však dosahuje už krajnosti. Popri tom stále potenciálne nebezpečenstvo ohrozenia predovšetkým podzemných vôd predstavuje ropovod prechádzajúci územím národného parku.

U povrchových tokov kotlín je potrebné dosiahnutie opätovnej stability ekologických vzťahov narušených nedostatkami komplexného chápania úprav vodných tokov a následnými melioráciami územia.

Na území sú vyhlásené dve chránené oblasti prirodzenej akumulácie vôd: CHVO Horného vrchu a CHVO Slovenský kras. Z hľadiska zlepšenia prostredia je nevyhnutné vyriešiť zásobovanie obcí vodou a vybudovanie kanalizácie a čističiek odpadových vôd, ktoré chýbajú napr. v obciach Silica, Silická Brezová, Dlhá Ves a Kečovo, čo je v krasovej krajine obzvlášť chúlostivým problémom.

Rekreácia, turizmus a športové aktivity

Rekreačné aktivity sú v únosnej miere, pre návštevníkov slúžia turistické chodníky a náučné chodníky. Turistické aktivity môžeme rozčleniť na dve oblasti a to pešiu turistiku a turistiku týkajúcu sa návštevy jaskýň. Sú to len krátkodobé aktivity. Všetky povolené aktivity a ich miesta sú zahrnuté v Návštevnom poriadku NP.

Pešia turistika: Najväčší záujem z celého územia sa prejavuje o NPR Zádielsku tiesňavu hlavne v odbobí máj – september. Je ťažké hovoriť o presných počtoch, ale boli zaznamenané denné návštevy niekedy až vyše 500 ľudí. Ostatné územie nie je navštevované v tak hojnom počte. Príčin je viacero ako napríklad: rozľahlosť územia, je problematické sa vrátiť späť do východzieho miesta, nevyhovujúca doprava verejnými prostriedkami, zlá infraštruktúra, nedostatočne vybudované služby a pod.

Návšteva jaskýň: V oblasti Slovenského krasu sú sprístupnené tri jaskyne s nasledovnou návštevnosťou (za rok 2022). Jaskyňa Domica – 15 238, Gombasecká jaskyňa – 14 528 a Jasovská jaskyňa 16 161 návštevníkov. Návštevnosť jaskýň má v posledných rokoch klesajúci trend. Z dôvodov chýbajúcich služieb návštevníci po prehliadke jaskyne územie opúšťajú, zdržiavajú sa na území maximálne pol dňa.

Športové aktivity: Národný park nie je tak intenzívne atakovaný športovými aktivitami ako je to v ostatných národných parkoch. Dané je to predovšetkým úplne odlišným charakterom územia.

Prevádzajú sa nasledovné druhy aktivít:

• skalolezectvo – povolené je v NPR Zádielska tiesňava, je časove i priestorove obmedzené.
• cykloturistika – na schválených cyklotrasách
• pešia turistika – po trasách vyznačených turistických chodníkov
• lyžiarska turistika – po trasách vyznačených turistických chodníkov, v posledných rokoch nastal útlm, najmä v závislosti od zlých snehových podmienok
• preteky v orientačnom behu – organizuje ich klub OB ATU Košice na Silickej alebo Plešivskej planine, sú to preteky s medzinárodnou účasťou
• závesné lietanie – časove i priestorovo vymedzené územie, so štartovacou plochou na Jasovskej planine

K zvýšeniu rozvoja turistických aktivít v oblasti národného parku Slovenský kras je potrebné vykonať nasledovné opatrenia:

• koordinácia rozvoja turizmu na miestnej a regionálnej úrovni
• rekonštrukcia a dobudovanie infraštruktúry cestovného ruchu
• zvýšenie kvality poskytovaných služieb
• vytvorenie viacdenných komplexných produktov s doplnkovými aktivitami
• zabezpečenie kvalifikovaných sprievodcovských služieb

Navrhované aktivity k zabezpečeniu rozvoja:

• koordinácia činnosti jednotlivých subjektov, zlepšenie komunikácie (obce, štátne orgány, podnikatelia, mimovládne organizácie, správa NP)
• environmentálna výchova a vzdelávanie občanov, zvýšenie environmentálneho vedomia miestneho obyvateľstva, oboznámenie ich s platnými právnymi normami v oblasti ochrany prírody
• vytvorenie nových produktov v oblasti ekoturistiky (ubytovanie a strava v penziónoch, náučný chodník v obci, informačné stredisko, múzeum ľudových tradícií, sprístupnenie kultúrnych zaujímavostí, ukážka tradičných remesiel, požičovňa bicyklov a pod.).
• vybudovanie doplnkového informačného značenia na hlavných cestných ťahoch, na prístupových cestách, v intravilánoch obcí
• zriadenie a prevádzkovanie turistickej a informačno – poradenskej kancelárie na slovenskej strane prihraničného regiónu
• tvorba spoločných cezhraničných turistických produktov

Letné krátkodobé aktivity:

• pešia turistika v urbanizovaných územiach (poznávanie kultúrnych, architektonických a technických pamiatok v mestách a obciach)
• pešia turistika v prírodnom prostredí (sieť turistických značených chodníkov, cca 270 km)
• cykloturistika (existujúce cesty a tri schválené cyklotrasy)
• návšteva sprístupnených jaskýň (j. Domica, Gombasecká j., Jasovská j., Krásnohorská j.)

Letné dlhodobé aktivity:

• kempingová rekreácia (pobyty v stanových táboroch)
• chatová rekreácia (pobyty na súkromných chatách, chalupách)
• agroturistika (kosenie trávy, sušenie, starostlivosť o domáce zvieratá, jazdenie na koni, ochutnávka vín,…)
• ekoturistika (ukážka a prevádzanie rôznych remesiel – rezbárstvo, stolárstvo, pekárstvo, hrnčiarstvo,…)