V náväznosti na špecifické vlastnosti územia Slovenského krasu sa vytvorili pestré životné podmienky aj pre vývoj živočíšstva. Sú to hlavne nižšie skupiny živočíšstva, ktoré dávajú tomuto územiu prevažne charakter zoocenóz stepného a lesostepného pásma. Tieto xerotermné zoocenózy sa miestami veľmi kontrastne prelínajú s horskými prvkami. Bohatá zložka zoocenóz kopíruje nevídanú pestrosť rôznych typov biotopov na pomerne malom území od xerotermných výslných stanovíšť po chladné vlhké krasové závrty, skalné bralá a tiesňavy.

Špecifickým životným prostredím typickým pre toto územie sú podzemné priestory – jaskyne, priepasti, podzemné toky a vyvieračky. Najznámejším pravým jaskynným troglobiontom je Mesoniscus graniger. Z pavúkov bol v jaskyni Domica zistený Porrhomma profundum a v niektorých ďalších jaskyniach žije endemický druh Nesticus cellulanus affinis. Z mäkkýšov bol v podzemných tokoch Silickej planiny zistený zástupca rodu Hauffenia a krasové vyvieračky obýva známy endemit sadleriánka panónska (Sadleriana pannonica). Z vertebrát nachádzajú vhodné životné podmienky v jaskyniach predovšetkým netopiere. Každoročne sa na zimoviskách sústreďuje cez 50 tisíc jedincov 24 druhov, z nich najpočetnejšie sú zastúpené druhy ako večernica malá (Pipistrellus pipistrellus), podkovár malý (Rhinolophus hipposideros), netopier obyčajný (Myotis myotis) a kriticky ohrozený netopier sťahovavý (Miniopterus schreibersi). Vzácne sú aj letné kolónie podkovára južného (Rhinolophus euryale) a ďalších druhov v týchto priestoroch.

Typickou je nepochybne aj fauna stepného a lesostepného pásma, skalných stepí, krasových planín a strání. Jednotlivé skupiny bezstavovcov sa vyznačujú veľkým zastúpením južných xerotermných prvkov. Vyskytuje sa tu veľmi vzácna sága stepná (Saga pedo), modlivka zelená (Mantis religiosa), z mäkýšov Pupilla triplicata a Zebrina detrita, Významný je tiež výskyt pavúka Pardosa bifasciata, potvrdzujúci pôvodnosť niektorých xerotermných lokalít. Z vyšších stavovcov sú plazy ďalšou významnou skupinou zvýrazňujúcou xerotermný ráz krasovej oblasti. Pozoruhodný je výskyt južného elementu – krátkonôžky štíhlej (Ablepharus kitaibelii) a tieto lokality sú severnou hranicou jej rozšírenia. Stále vzácnejšia je jašterica zelená (Lacerta viridis) a z hadov užovka stromová (Elaphe longissima). V severnej časti Zádielskej a Borčianskej planiny prenikajú do krasu horské druhy ako jašterica živorodá (Lacerta vivipara) a vretenica severná (Vipera berus). Z cicavcov ešte na niektorých planinách, hlavne tam kde sa zachovala pastva nájdeme kolónie sysľa pasienkového (Spermophillus citelus), ktorý je dôležitou potravnou bázou pre sokola rároha (Falco cherrug) a orla kráľovského (Aquila heliaca). Z vtákov je typickým pre tento biotop strání krasových planín predovšetkým strnádka ciavá (Emberiza cia), v lesostepných ekosystémoch na planinách a bázach planín hniezdia populácie škovránka stromového (Lullula arborea), strakoša červenochrbtého (Lanius collurio), krutohlava hnedého (Jinx torquilla), penice jarabej (Sylvia nisoria) a dnes už čoraz vzácnejšieho dudka chocholatého (Upupa epops).

Lesné zoocenózy sú zastúpené druhmi a ich spoločenstvami od xerotermných drieňových dúbrav po vápencové jedľové bučiny. Charakteristickými druhmi teplých hrabových dúbrav sú tu predovšetkým vtáky ako ďateľ prostredný (Dendrocopos medius), hniezdi tu penica čiernohlavá (Sylvia atricapilla), glezg hrubozobý (Coccothraustes coccothraustes), orol krikľavý (Aquila pomarina), včelár lesný (Pernis apivorus) a iné. V bučinách je typický ďateľ bielochrbtý (Dendrocopos leucotos), muchárik červenohrdlý (Ficedula parva), početne je zastúpený aj muchárik bielokrký (Ficedula albicollis), kolibkárik sykavý (Phylloscopus sibilatrix), vzácnejšie sova dlhochvostá (Strix uralensis) a ďateľ čierny (Dryocopus martius). V jedľobučinách je najbežnejšia sýkorka uhliarka (Parus ater) a hniezdi tu aj náš najmenší spevavec králiček zlatohlavý (Regulus regulus).