Podstatnú časť plochy cca 78 % územia národného parku zaberajú lesné spoločenstvá. Po skončení doby ľadovej pokrývali lesné spoločenstvá pravdepodobne celú krajinu Slovenského krasu s výnimkou skál, močiarov a vodných tokov. K postupnému odlesňovaniu dochádzalo s rastúcim osídľovaním územia človekom, avšak rozhodujúci vplyv mala valašská kolonizácia v 13. a 14. storočí . Pôvodný prales sa postupne pretváral na pastevné plochy a následne na skrasovatenú step. Zo svojich nížinných refúgií sa postupne počas niekoľkých tisícročí rozširovali teplomilné (xerotermné) spoločenstvá rastlín, ktoré sú dnes pre Slovenský kras charakteristické.

Územie Slovenského krasu je zaujímavé najmä rozmanitou výškovou členitosťou. Na pomerne malom území sa môžeme stretnúť s lesnými spoločenstvami v piatich lesných vegetačných stupňoch, počnúc spoločenstvami drieňových dúbrav (Cornetoquercetum), ktoré sa rozprestierajú na strmých skalných stenách, až po jedľo – bučiny (Abieto-fagetum) pokrývajúce najvyššie partie územia národného parku. Najrozšírenejšími typmi lesa sú však bukové dúbravy (Fageto–quercetum) a dubové bučiny (Querceto–fagetum), ktoré pokrývajú viac ako 1/2 plochy lesov v Slovenskom krase .Hlavnými drevinami sú buk lesný (Fagus sylvatica), dub zimný (Quercus petraea) a hrab obyčajný (Carpinus betulus), s bohatou prímesou ostatných druhov drevín a rastlín.

Druhovú bohatosť vytvorili rozmanité životné podmienky na vápencovom podklade. Lesné spoločenstvá sú podobne ako nelesné veľmi pestré. Zo skupín lesných typov je floristicky najhodnotnejšia drieňová dúbrava (Corneto-quercetum).Zaberá najextrémnejšie lokality a vyskytuje sa na veľmi plytkých profiloch protorendzín. Najväčšie lokality sú na Plešivskej a Silickej planine. Hlavnou drevinou zachovalejších biocenóz je dub plstnatý (Quercus pubescens). Hojnú prímes tvorí dub cerový (Quercus cerris), dub zimný (Quercus petraea), jarabina mukyňa (Sorbus aria), mahalebka (Cerasus mahaleb), v niektorých typoch aj hrab obyčajný (Carpinus betulus) či jaseň mannový (Fraxinus ornus). Veľmi bohatá je krovitá vrstva s prevládajúcim drieňom obyčajným (Cornus mas). (veľmi hojný výskyt aj na vrchu planín v zmenených spoločenstvách), nad dráčom obyčajným (Berberis vulgaris), zobom vtáčím (Ligustrum vulgare), borievkou obyčajnou (Juniperus communis), bršlenom európskym (Eunoninus europaeus), hlohom (Crataegus sp. ), ružami (Rosa sp. )atď. Lesy tohto spoločenstva majú aj veľký pôdoochranný význam. Pre súčasnosť je charakteristické šírenie lesa, či už prirodzene alebo umelým zalesňovaním opustených pasienkov.

Väčšinu lesov Slovenského krasu charakterizujú vysoko hodnotné prirodzené lesné spoločenstvá, tvorené pôvodnými druhmi drevín. Najviac zastúpenou drevinou je hrab obyčajný (Carpinus betulus) asi 32 %. Po ňom nasledujú jednotlivé druhy dubov (v Slovenskom krase sa z 9 domácich druhov duba vyskytuje 8) a buk, ktorý bol ešte pred sto rokmi najrozšírenejšou drevinou. Z ihličnatých drevín je najrozšírenejšia borovica lesná (Pinus silvestris), ktorej pôvodným biotopom v Slovenskom krase sú len vysoké skalné bralá, na ktorých sa zachovala ako tret’ohorný relikt. Na vysokom zastúpení borovice čiernej (Pinus nigra) má zásluhu najmä zalesňovanie delimitovaných poľnohospodárskych plôch touto drevinou v sedemdesiatych a osemdesiatych rokoch. Jedľa biela (Abies alba) a smrek obyčajný (Picea abies) sú pôvodné len v najvyšších polohách. Ďalšími reliktami, ktoré sa tu zachovali z treťohôr sú na skalných stenách rastúci vzácny tis obyčajný (Taxus baccata), mohutné exempláre brečtana popínavého (Hedera helix), klokoč perovitý (Staphylea pinnata) a iné.

Na väčšine územia národného parku, mimo rezervácií, a jeho ochranného pásma prebieha v lesoch plánovité obhospodarovanie prostredníctvom LHP. Z kategórií lesov majú najväčšie plošné zastúpenie lesy ochranné, cca 50 % plochy lesov. Avšak vysoké zastúpenie má aj kategória lesov hospodárskych, cca 45 % plochy všetkých lesov národného parku. Zvyšných 5 % tvoria lesy osobitného určenia a plochy so špecifickým funkčným zameraním, ako sú napríklad políčka pre zver, lesné lúky a pod.