Pri maloplošných chránených územiach je zvýšená pozornosť venovaná vzácnym biotopom, ohrozeným spoločenstvám, resp. špecifickým lokalitám. Pre tieto platí najprísnejší režim ochrany. Sú to rozlohou menšie územia, ktoré sú z hľadiska ochrany prírody najcennejšie a sú dôležité z vedecko – výskumných dôvodov.
V územnej pôsobnosti Správy NP a BR Slovenský kras sa nachádza 7 Prírodných rezervácií (PR), 10 Národných prírodných rezervácií (NPR), 2 Prírodné pamiatky (PP), 17 Národných prírodných pamiatok (NPP), a 2 Chránené areály (CHA).
Prírodná rezervácia je oblasť veľká do 1000 ha, ktorá predstavuje pôvodné alebo ľudskou činnosťou málo pozmenené biotopy európskeho významu alebo biotopy národného významu, alebo biotopy druhov európskeho významu, alebo biotopy druhov národného významu. Platí tu 4. alebo 5. stupeň ochrany.
Národná prírodná rezervácia je prírodná rezervácia predstavujúca nadregionálne biocentrum ako súčasť najvýznamnejšieho prírodného dedičstva štátu. Platí tu 4. alebo 5. stupeň ochrany.
Prírodná pamiatka je bodový, líniový alebo iný maloplošný ekosystém, prípadne jeho zložka alebo prvok, spravidla s výmerou do 50 ha, ktorá má vedecký, kultúrny, ekologický, estetický alebo krajinotvorný význam. Platí v nej 4. alebo 5. stupeň ochrany.
Medzi národné prírodné pamiatky patria najvýznamnejšie jaskyne a priepasti nachádzajúce sa v územnej pôsobnosti Správy NP a BR Slovenský kras zapísané do Zoznamu svetového kultúrneho a prírodného dedičstva UNESCO. Platí v nich 4. alebo 5. stupeň ochrany.
Chránený areál je oblasť s výmerou do 1000 ha, na ktorej sú biotopy európskeho významu alebo biotopy národného významu, alebo biotopy druhov európskeho významu, alebo biotopy druhov národného významu a kde priaznivý stav týchto biotopov záleží na obhospodarovaní človekom. Platí tu 2. – 5. stupeň ochrany.